Une équipe de spécialistes a créé un programme permettant d’identifier et de comparer des sections du génome animal. Grâce à ce développement, il sera possible de suivre la proximité d’une espèce animale par rapport aux autres dans la hiérarchie globale, et d’analyser les changements qui ont eu lieu chez les représentants des différentes espèces au cours du processus d’évolution.
Des millions d’espèces animales différentes vivent sur la planète Terre. Les facteurs clés tels que l’apparence, le mode de vie, les habitudes alimentaires sont déterminés principalement par un ensemble de gènes innés. Et la variation de ces ensembles varie considérablement en fonction du nombre d’espèces. Les experts ont dénombré quelque 20 000 combinaisons de gènes différents au total. Ainsi, il s’avère que les espèces diffèrent non seulement et non pas tant dans les gènes eux-mêmes, que dans les paramètres de leur localisation les uns par rapport aux autres. En science, il existe un terme spécial « syntynie », qui fait référence à une séquence spécifique d’éléments individuels dans le génome.
L’ingénieure Ksenia Krasheninnikova, l’une des conceptrices du projet, cite l’exemple des gorilles et des chimpanzés qui, bien que possédant un ensemble de gènes identiques, diffèrent les uns des autres précisément en raison de leur séquence différente.
Pour trouver ce qui différencie exactement les structures du génome, les experts doivent, tout d’abord, trouver ces zones dissemblables les unes des autres. Il n’est pas possible de le faire manuellement, car il y a trop de données à traiter. C’est pourquoi les scientifiques tentent de créer des programmes spéciaux, simplifiant et optimisant le processus de sélection.
Le nouveau développement, appelé halSynteny, comme l’ont assuré les développeurs, se caractérise par une vitesse de traitement des données supérieure à celle des systèmes précédents. Il peut également être exécuté dans deux formats différents en même temps.
Une approche fondamentalement différente de la recherche de séquences synthétiques contribue à l’augmentation de la vitesse. Habituellement, les techniques utilisent l’annotation préliminaire, dans le cas de halSynteny impliquent l’alignement technologique, dans lequel différentes parties d’un ensemble de gènes sont comparées à d’autres. Cela permet d’identifier des séquences similaires et de tirer des conclusions sur les différences.
En utilisant le langage de programmation C++, le programme a une performance accrue, de sorte que tous les calculs sont plusieurs fois plus rapides qu’avec d’autres méthodes.
Comment fonctionne ce nouveau système et quelles sont les facilités qu’il apporte aux ingénieurs généticiens ? Est-ce qu’il permet d’accélérer les processus de recherche et de manipulation génétique ? Quelles sont les avancées majeures que ce système peut offrir dans le domaine de la génétique ?